功能不同
干细胞是建设者，免疫细胞是防卫兵
在成体的器官中，干细胞可以通过不断分裂来修复组织，或者是像在哺乳动物脑组织中那样处于静止的状态。干细胞在其发育期间能够通过对称性地分裂以扩增它们的数量，或者通过非对称性分裂进行自我更新和产生更多不同分化类型的祖细胞。
当有外敌入侵，如细菌和病毒，免疫细胞就会扮演细胞王国的军队，快速反应，将其清除。
如果细胞王国中出现叛变分子，如正常细胞突变为癌细胞，免疫细胞就会扮演安保系统，将其识别并清除。
提取方式不同
干细胞可以从多种人体组织中提取
以目前临床应用最广泛的间充质干细胞为例，最初是从骨髓中提取的，后来在血液、脂肪、牙髓等多种人体组织都能提取到。14年前（2004年），科学家发现，间充质干细胞最丰富最优质的天然来源是通常被丢弃的胎盘。
目前免疫细胞的来源主要是血液
包括成人的外周血和婴儿的脐带血。血液中含有大量功能成熟的免疫细胞，在我们的身体内不停循环，时刻保护我们的健康。
免疫细胞：
T淋巴细胞：
T细胞是淋巴细胞的主要组分，它具有多种生物学功能，如直接杀伤靶细胞，辅助或抑制B细胞产生抗体，对特异性抗原和促有丝分裂原的应答反应以及产生细胞因子等，是身体中抵御疾病感染、肿瘤形成的英勇斗士。T细胞产生的免疫应答是细胞免疫，细胞免疫的效应形式主要有两种：与靶细胞特异性结合，破坏靶细胞膜，直接杀伤靶细胞；另一种是释放淋巴因子，最终使免疫效应扩大和增强。
B淋巴细胞：
成熟的B细胞经外周血迁出，进入脾脏、淋巴结，主要分布于脾小结、脾索及淋巴小结、淋巴索及消化道粘膜下的淋巴小结中，受抗原刺激后，分化增殖为浆细胞，合成抗体，发挥体液免疫的功能。
K淋巴细胞：
K细胞的杀伤作用在肿瘤免疫、抗病毒免疫、抗寄生虫免疫、移植排斥反应及一些自身免疫性疾病中均有重要作用，产生的免疫应答有免疫防护及免疫病理两种类型。
NK淋巴细胞：
NK细胞杀伤的靶细胞主要是肿瘤细胞、病毒感染细胞、较大的病原体（如真菌和寄生虫）、同种异体移植的器官、组织等。
肥大细胞：
肥大细胞mast cell是和血液的嗜碱粒细胞同样具有强嗜碱性颗粒的组织细胞。存在于血液中的这种颗粒，含有肝素、组织胺、5-羟色胺，由细胞崩解释放出颗粒以及颗粒中的物质，可在组织内引起速发型过敏反应（炎症）。由于在肥大细胞上结合的IgE抗体和抗原的接触，使细胞多陷于崩坏。
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