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融合基因检测新手段

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融合基因检测新手段

  • 分类:科普知识
  • 作者:
  • 来源:
  • 发布时间:2020-11-20 14:13
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【概要描述】

融合基因检测新手段

【概要描述】

  • 分类:科普知识
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  • 发布时间:2020-11-20 14:13
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        融合基因检测,作为精准治疗的组成部分,在白血病的诊疗中发挥重要作用。目前,对于已知的融合基因,临床上多采用q-PCR或FISH来进行融合基因的检测,此类解决方案需要针对每个融合类型(一种融合基因含有多种融合类型)进行引物设计。引物设计以及反应体系要求繁琐同时随着检测的融合断点数目增加而增加,检测通量低,检测覆盖范围有限。

        相对于传统方法只能检测有限的已知伙伴基因和已知断点的融合基因,转录组测序(RNA-seq)通过对所有基因的mRNA序列进行测序,理论上可以检测到全部融合基因的转录本,大大提高检测的覆盖范围和检出率。

        主要的实验流程是,样品提取总RNA后,用带有Oligo(dT)的磁珠富集mRNA,向得到的mRNA中加入Buffer使其片断成为短片段,再以片断后的mRNA为模板,用六碱基随机引物合成cDNA第一链,并加入缓冲液、dNTPs、RNase H 和DNA polymerase I 合成cDNA第二链,经过磁珠纯化并加 EB缓冲液洗脱,经末端修复、加碱基A,加测序接头,经磁珠筛选获得适合大小的片段,并进行PCR扩增,从而完成整个文库制备工作,构建好的文库用Illumina NovaSeq6000进行测序,最后进行生物信息学分析。

哪些情况需要做RNA-seq检测呢?主要是疑似或者初诊的血液肿瘤患者。

1) 形态学缓解前未做过融合基因筛查的血液肿瘤患者

2)传统方法未检测到融合基因血液肿瘤的患者

3)治疗效果不佳的血液肿瘤患者

那具体能给我们带来哪些帮助呢?

1)诊断和辅助诊断:为血液病患者鉴别诊断及疾病分型提供依据,指导治疗;

2)预后评估:为血液病患者进行预后评估、危险度分层提供依据;

3)用药指导:为血液病患者临床靶向用药的选择提供重要依据;

4)微残监测:为血液病患者提供个体化的微残监测( MRD)靶点;

5)病因探查:辅助难治复发患者病因探查

一次检测,检出所有融合基因,不仅可以帮助医生对患者进行疾病分型,还可以评估患者的预后实现对患者的危险度分层,更为重要的是能够指导医生进行靶向药物治疗策略。

 

-----本文来源于网络,如需删改,请联系我们。

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